保険金支払い方式では、破産手続で契約が清算されるなど破綻金融機関の金融機能の停止が見込まれるため、可能な限り資金援助方式で処理されることが金融庁の方針として定められている。この枠組では、破綻した金融機関に対して、
金融整理管財人を送り込み、救済金融機関を選定し (ただちに選定できない場合は
承継銀行を設立し、再承継金融機関を選定) 、預金保険コスト範囲内の資金援助や不良債権の買い取りを行い、
整理回収機構へ債権を渡し、健全資産の受け皿金融機関への譲渡を行うことで預金者の保護をはかる。
なお、この場合でも預金の保護が行われるのはペイオフコスト内 (つまり名寄せ、融資の相殺がされた上で1人あたり普通預金等の1000万円以内、決裁用預金の全額) でペイオフコストを越えた分は
民事再生法等の
倒産法の枠組を使って処理されることになるが、金融システムへの影響が大きい場合、預金保険法102条1項2号の処理が適用されペイオフコストを越えた資金援助が行われることがある。これを特別資金援助と呼ぶ。この場合全額保護が行われることがある。