分割民営化後、JR各社は概ね順調な経営成績をあげた。特に本州3社(JR東日本、JR東海、JR西日本)は
1993年(平成5年)から順次一部株式の上場を実施したため、特殊会社としての規制が経営の足枷となることが懸念された。そこで、平成13年(
2001年)6月22日法律第61号により、本州3社は正式に本法の対象から外され、法律上民間会社と同等の扱いとなった。その後、本州3社は全株式を上場し、完全民営化を達成している。
ただし、国土交通省は本州3社が完全な自由経営になることを懸念し、「鉄道事業に係る利用者の利便の確保及び適切な利用条件の維持並びに事業地域の経済及び社会の健全な発展の基盤の確保のために必要な事業経営」を行わせるため、改正附則により国土交通大臣が「本州3社が配慮すべき指針」の公表、事業経営への指導及び助言、勧告及び命令を行う旨を明記し、一定の権限を保持し続けている。