忍城は
後北条氏の時代から最重要拠点のひとつとして見なされていた。低湿地の沼沢を濠とし、その中に浮かんだ島を曲輪として利用した堅城であった。事実、
天正18年(
1590年)の
小田原征伐のとき、
石田三成率いる豊臣軍の攻撃を受けたが、落城することはなかった(小田原落城後に開城)。後北条氏滅亡後、関東に入った
徳川家康は忍城に四男の
松平忠吉を10万石で入れた。しかし忠吉は11歳という幼年であったため、
松平家忠(松平深溝氏(まつだいらふこうずし))が1万石で入る。家忠は三成の水攻めのために荒廃した忍城と城下町を修築し、代官の
伊奈忠次の助けも受けて領内に検地を実施した。
文禄元年(
1592年)に家忠は
下総国上代1万石に移され、忠吉は忍に入ったがまだ若年のため、家老の
小笠原吉次が実際の政務を代行した。吉次は兵農分離、家臣団編成、新田開発、
利根川の治水工事で手腕を見せた。
慶長5年(
1600年)の
関ヶ原の戦いで、忠吉は
井伊直政と共に
島津義弘軍と戦って負傷しながらも武功を挙げたため、
尾張尾張藩52万石に加増移封された。その後しばらく、忍藩は廃されて
天領となり、
代官の忠次や
大河内久綱らが治めた。
寛永10年(
1633年)、『知恵伊豆』で有名な
松平信綱(久綱の子)が3万石で入る。信綱は
老中に昇進して
島原の乱鎮圧では総大将として幕府軍を率いて乱を鎮圧し、寛永16年(
1639年)にはその武功により
武蔵川越藩6万石に加増移封された。代わって信綱と同じく
徳川家光のもとで小姓から老中にまで栄進した
阿部忠秋が5万石で入る。信綱・忠秋が相次いで老中に就任した結果、忍藩は「老中の藩」として政治的・軍事的にも幕府の重要拠点と見なされるようになったが、これが逆に藩主家の経費増加にもつながり、次第に忍藩の年貢は重くなっていったと言われている。忠秋は
正保4年(
1647年)に1万石、
寛文3年(
1663年)に2万石を加増され、合計8万石を領する
大名となった。その後も阿部氏は
阿部正能(9万石)、
阿部正武(10万石)、
阿部正喬と言うように、歴代藩主が老中に就任している。特に正武は
徳川綱吉の厚い信任を得て23年間も老中を務めて10万石に加増され、忍城の修築や家臣団の規律制定など、藩政の固めに尽力している。正喬の後は
阿部正允、
阿部正敏、
阿部正識、
阿部正由と継がれたが、これらの藩主も老中・
京都所司代・
大坂城代などの要職を歴任した。しかし藩政においては
寛保2年(
1742年)に領内を襲った大洪水や
天明3年(
1783年)の
浅間山噴火と
天明の大飢饉、その3年後の大洪水などで大被害に遭う。おまけに、歴代藩主が幕府の要職に就いたために逆に出費が重なって、藩財政は大きく逼迫した。このような中で
宝暦2年(
1752年)と
明和元年(
1764年)に藩内で一揆が起こるなど、藩政は不安定化の一途をたどった。
文政6年(
1823年)、
阿部正権(正由の子)のとき、阿部氏は
陸奥白河藩へ移封となった。
代わって
伊勢桑名藩より松平(奥平)氏が10万石で入る(なお、この際に桑名藩領の一部が忍藩領になっており、陣屋が置かれていた)。松平氏は元禄期に起こした騒動で知行を減らされていたにも関わらず、石高に較べて家臣団が多くいたため、藩財政は早くから逼迫していた。このため、入部した翌年には藩内に重い御用金を課している。第3代藩主・
松平忠国は所領10万石の内、5万石を上総・
安房に移されたため、異国船の警備を任じられた。ところが、これが原因でさらに財政は逼迫し、
安政2年(
1855年)の
安政の大地震と安政6年(
1859年)の大洪水で領内が大被害を受け、出費がさらに重なり、遂には家臣の俸禄を6分も減らさざるを得なくなった。この頃の松平氏の借金は、76万両という途方もないものであった。
慶応3年(
1867年)の
大政奉還後、第4代藩主・
松平忠誠は幕府と新政府のどちらに与するかを迷い、藩論もそれによって分裂する。翌年、
戊辰戦争が起こると前藩主・忠国の登場もあって藩論は新政府側に与することで決し、忍藩は東北に出陣した。第5代藩主・
松平忠敬は
明治2年(
1869年)の
版籍奉還で藩知事となり、明治4年(
1871年)7月の
廃藩置県で忍藩は廃藩、代わって
忍県が設置された。