宗派の組織は、世俗的な国家機関とほぼ対応関係にある。宗派の象徴としての
天皇に相当するのが、門主や管長である。
総理大臣に当たるのは、
宗務総長などと呼ばれる
宗務所の事務的な最高責任者である。
国会に相当する
宗議会も設置されており、全国の
末寺から選ばれた宗議会議員が、
国会議員に当たり、宗派にとっての重要事項を議決する。ただ、宗派によっては、管長などの本山住職が宗務総長の権限も兼任している場合もある。また、行政機関に相当する宗派の組織を
内局や
宗務庁などと呼び、その事務所が宗務所である。内局の中には、教学部や財務部、総務部といった各省庁に相当する部署が存在し、それぞれに担当の部長が任命される。
巨大宗派の場合、この内局の業務が繁雑になるため、その解消策として、各地方ごとに宗務機関としての教区事務所や宗務所などの機関を設置して各地方の宗務を処理している。教区では、末寺を組(そ)と呼ばれる末端の組織によって管理している。各地域における布教活動などは、この組を基本として行なわれる。